I.Dzieciństwo i młodość
Eugeniusz Kwiatkowski urodził się 30 grudnia 1888 r. w Krakowie. Był drugim synem Wincentyny z domu Maszczyńskiej (1864-1952) i Jana Kwiatkowskiego (1841-1902), prawnika , urzędnika kolei galicyjskich. Gdy ojciec odziedziczył po starszym bracie 300-morgowy majątek ziemski w Czernichowcach pod Zbarażem, zrezygnował z pracy w dyrekcji kolei galicyjskich i przeniósł się z Krakowa do swojego majątku. Tam, Eugeniusz Kwiatkowski wraz ze swym starszym bratem Romanem (1886-1946) i młodszymi siostrami: Janiną (1892-1994) oraz Zofią (ur.1900 r.) spędził swoje dzieciństwo.
Zbaraż z ruinami starego zamku i klasztorem Bernardynów sprzyjał patriotycznemu wychowaniu dzieci, które chłonęły "Ogniem i mieczem". Skrzetuski, Podbipięta - to byli bohaterowie dziecinnych lat młodego Eugeniusza.Świętem dla niego był wyjazd z ojcem do pobliskiego Tarnopola, gdzie funkcjonowały teatry amatorskie, kółka rolnicze, Towarzystwo Szkoły Ludowej i "Sokół".
W 1898 roku Kwiatkowski rozpoczął edukację w ck Gimnazjum Franciszka Józefa we Lwowie, którego dyrektorem był prof. Biesiadzki. Nauka w tym czasie nie szła mu najlepiej, na świadectwie z klasy I z takich przedmiotów jak: język łaciński, polski, niemiecki, geografia i matematyka zapisano zaledwie stopień dostateczny, a z religii i historii naturalnej (zoologia) - dobry. Po śmierci ukochanego i bardzo łagodnego ojca, od roku 1903 nastąpił przełom w nauce. Za sprawą energicznej i wymagającej matki Kwiatkowski został uczniem prywatnego Gimnazjum OO.Jezuitów w Bąkowicach pod Chyrowem. Tutaj jako uczeń klasy czwartej otrzymał za obyczaje stopień chwalebny, za pilność stopień wytrwały, a z takich przedmiotów jak religia, fizyka i historia kraju rodzinnego oceny celujące lub bardzo dobre. Chyrowskie gimnazjum eksponowało naukę historii i geografii Polski. Uczyło młodzież szacunku dla tradycji narodowych. Dawało gruntowną wiedzę przedmiotową i wiązało swą młodzież z etosem chrześcujańskim. Takie wychowanie wpłynęło zapewne na późniejsze przykładne życie osobiste i rodzinne Kwiatkowskiego.
27 maja 1907 r. otrzymał świadectwo dojrzałości z odznaczeniem. Po maturze Kwiatkowski rozpoczął studia na Wydziale Chemii Technicznej Politechniki Lwowskiej. Rektorem uczelni był prof. Syniewski, dziekanem Wydziału prof. Stefan Niementowski. Wykładowca i kierownik pracowni chemii analitycznej, wielki prof. Niementowski, wykładał swoja dyscyplinę piękną polszczyzną i niewątpliwie stanowił dla Kwiatkowskiego wzór do naśladowania.
Po zdaniu pierwszych tzw. państwowych egzaminów na Wydziale Chemii z opóźnieniem jednego roku wyjechał na dalsze studia do Monachium. Rozpoczął je 21 marca 1910 r. Zrobił to na prośbę matki, która obawiała się aktywności niepodległościowa i polityczna opóźni zakończenie studiów. Równocześnie do Monachium udał się jego przyjaciel Józef Kożuchowski . Dyplom inżyniera Kongliche Bayerische Technische Hochschule otrzymał 3 sierpnia 1912 r.
Kwiatkowski jako student żył w kręgu patriotycznego odrodzenia, które towarzyszyło wielkim rocznicom: Konstytucji Majowej, Insurekcji Kościuszkowskiej, bitwy pod Racławicami, powstania Legionów Henryka Dąbrowskiego.
Młodzież wyrastała w atmosferze buntu wobec pozytywistycznej pracy organicznej w ramach Monarchii Austro-Węgierskiej. Bożyszczem jej był Zygmunt Miłkowski (T.T.Jeż), autor głośnej pracy "Rzecz o obronie czynnej i skarbie narodowym", inspirator powołanej w Szwajcarii w 1887 r. Ligi Polskiej, przemianowany w 1893 r. Na Ligę Narodową. Pokaźną siłą Ligi była ogólnopolska tajna organizacja młodzieżowa Związek Młodzieży Polskiej, zwana krótko Zetem. Członkowie tej organizacji, do której wprowadził Kwiatkowskiego w 1907 r. Zygmunt Dreszer, byli zobowiązani do bezwzględnej karności, solidarności oraz przestrzegania tajemnicy organizacyjnej.
Już w połowie 1908 r. wyłamała się z Ligi Narodowej grupa, która mocno akcentowała swój proniepodległościowy program. W roku następnym kilkunastu "zetowców" z Józefem Kożuchowskim, dozgonnym przyjacielem Kwiatkowskiego, Kazimierzem Michalskim i Zygmuntem Kukawskim stworzyło tzw. niezależny Zet. Pismem tej grupy stało się "Zarzewie", które dało nazwę nowej organizacji. Główny nacisk w działalności nowej organizacji, podobnie jak w Związku Walki Czynnej, położony został na wychowanie patriotyczne i przysposobienie wojskowe.
Po powrocie do kraju, od 3 marca do 28 czerwca 1913 r. odbywał praktykę w laboratorium chemicznym Gazowni Miejskiej we Lwowie. Następnie, od 5 lipca do 19 sierpnia 1913 r. praktykował w Gazowni Miejskiej w Łodzi. Bezpośrednim jego przełożonym w Gazowni Łódzkiej był inż. A. Ekerkunat, szef zakładowego laboratorium, wysoce uzdolniony chemik, jeden z organizatorów strajku szkolnego. Kwiatkowski był pod urokiem politycznym i towarzyskim swego opiekuna. Pod wpływem praktyki łódzkiej uświadomił sobie znaczenie chemii węgla i surowców pokrewnych.
We wrześniu 1913 r. Eugeniusz Kwiatkowski poślubił Leokadię Florę Walerię Glazer, córkę Piotra i Marii Gabrieli z Żankowskich. W październiku 1913 r. Kwiatkowski wyjechał do Lublina, gdzie otrzymał stanowisko wicedyrektora prywatnej gazowni inż. Bańkowskiego. Dnia 3 lutego 1914 r. został przyjęty w poczet członków lubelskiego Stowarzyszenia Techników, wśród których było wielu sympatyków ruchu niepodległościowego kierowanego przez Józefa Piłsudskiego.