X. Delegat Rządu do spraw Wybrzeża
Według informacji inż. Władysława Zaborskiego, pełnomocnika rządu do spraw repatriacji, na jego wniosek przedstawiony Zygmuntowi Modzelewskiemu, ambasadorowi RP w Moskwie, prezydent Krajowej Rady Narodowej Bolesław Bierut wysłał w lipcu 1945 r. do Rumunii mjr Jerzego Borejszę, by zaproponował Kwiatkowskiemu powrót do życia politycznego i objęcie funkcji Delegata Rządu do Spraw Wybrzeża. Delegaci nowych władz polskich postawili sprawę lojalnie i otwarcie:
Potrzebujemy Pana. Wybrzeże, morze, Gdynia czekają na zagospodarowanie. Pańska wiedza, doświadczenie i uczciwość są dla nas dostateczną rekomendacją. Jeżeli zgodzi się Pan, to za dwa dni zabierzemy Pana ze sobą; rodzina przyjedzie później. Ostateczną decyzję poweźmie Pan na miejscu, w Warszawie. Jeżeli nie zaakceptuje Pan naszych warunków, odwieziemy Pana z powrotem.
Decyzja powrotu została powzięta. Pokusa pracy dla Polski była silniejsza niż obawy czy opory. Kilka dni później, po podróży samolotem przez Bukareszt, Moskwę, Kwiatkowski znalazł się w Warszawie. Do jedynego wówczas czynnego w stolicy hotelu "Polonia", gdzie się zatrzymał, ściągały tłumy. Ludzie chcieli się przekonać na własne oczy, "czy to aby prawdziwy Kwiatkowski przyjechał".
Do zadań powołanej 12 września 1945 r. Delegatury Rządu do Spraw Wybrzeża, którą kierował, należały: odbudowa i wykorzystanie portów handlowych i miast portowych, odbudowa i uruchomienie przemysłu nadmorskiego, dysponowanie budżetem przydzielonym na cele inwestycyjne i odbudowę oraz doraźna kontrola prac i związanych z tym wydatków.
Wielki program morski Kwiatkowskiego z 1945 r. wybiegał daleko w przyszłość. Przewidywał on: dokonanie całkowitej polonizacji delty Wisły oraz Kołobrzeskiego i Szczecińskiego, odbudowę nowoczesnej infrastruktury wszystkich portów polskich, przygotowanie portu szczecińskiego do obsługi potrzeb handlowych Pomorza, Wielkopolski, Dolnego Śląska oraz tranzytu czechosłowackiego, a portów w Gdynia-Gdańsk, Śląsk- Warszawa, Łódź, Białystok i Kraków, budowę nowych kanałów, stworzenie z Gdańska i Gdyni centrów polityki morskiej, rozbudowę własnej floty handlowej i marynarki wojennej, uruchomienie żeglugi pasażerskiej regularnej i pasażersko-towarowej na przybrzeżach, znaczną rozbudowę rybołówstwa morskiego, rozbudowę systemu połączeń kolejowych polskich portów z ich zapleczem, budowę silnych radiostacji w Gdańsku i Szczecinie, włączenie wybrzeża polskiego w międzynarodową sieć kablową oraz międzynarodowe połączenia lotnicze, rozbudowę przemysłu stoczniowego w Gdańsku, Gdyni, Szczecinie i Elblągu, zorganizowanie w Gdańsku obok Politechniki i Akademii Medycznej Uniwersytetu, a w Gdyni Akademii Handlu Morskiego, zorganizowanie szkolnictwa specjalnego w Szczecinie, Kołobrzegu i Elblągu.
Na konferencji wewnętrznej 8 stycznia 1946 r. Kwiatkowski podsumował dorobek Delegatury, do którego zaliczył opracowanie planu na rok 1946, uruchomienie akcji kredytów rezerwowych i utworzenie ekspozytury w Szczecinie. Udało się także w tym czasie uruchomić przy Centralnym Urzędzie Planowania komórkę interwencyjną Delegatury.
Delegatura nadal koncentrowała się na odbudowie miast portowych, kanałów, dźwigów, magazynów portowych oraz przemysłu na wybrzeżu. Za zgodą ministra Jędrychowskiego starano się przyciągnąć do akcji odbudowy skandynawskie firmy techniczno-budowlane.
Dnia 15 stycznia 1946 r. na konferencji wewnętrznej w Delegaturze Kwiatkowski przedstawił m.in. ideę zwołania I Zjazdu Miast Morskich w Polsce, który powołałby Związek Miast Morskich. Zjazd ten miał omówić udział wspomnianych miast w realizacji polityki morskiej, ich perspektywy rozwoju gospodarczego, sytuację finansową, prawną, stan oświaty i kultury, komunikacji, urządzeń socjalnych i planów urbanistycznych.
Podczas pobytu premiera Edwarda Osóbki-Morawskiego w dniach 24-25 lutego 1946 r. na wybrzeżu Kwiatkowski uzyskał jego akceptację dla planu utworzenia Związku Miast Morskich Rzeczypospolitej.
Wiele czasu pochłąniały Kwiatkowskiemu inne funkcje, pracował m.in. w Komisji Planu Zabudowy Trójmiasta, Komisji do Spraw Stoczni, Komisji Badania Potrzeb i Rozwoju Ziem Odzyskanych.
Konieczność powołania Związku tłumaczył następująco:
Miasta muszą (...) zrozumieć, że ulokowanie nad morzem nakłada na nich specjalne obowiązki i daje im specjalne możliwości rozwoju. Miasta muszą wydobyć ze swego grona ludzi wielkiej wiary, wtedy akcja się uda. Gra rolę czynnik polityczny, ściśle zewnętrznopolityczny. Najsilniejszy akcent musi być położony na to, że uzyskaliśmy nową sytuację nad Bałtykiem, że nie ma już miast staropolskich, Wolnego m. Gdańska i Sopot, i miast poniemieckich. Wszystkie stanowią jednolitą, organiczną część państwa polskiego.
W swym referacie Kwiatkowski poruszył przede wszystkim sprawę samorządu terytorialnego. Stwierdził m.in.:
Przed wojną nasza młoda biurokracja pragnęła wszystko załatwić sama, pragnęła, ze złym skutkiem zresztą, wyręczyć całe społeczeństwo w jego rozlicznych funkcjach. Z wielką szkodą dla państwa sparaliżowany został samorząd miejski, gospodarczy, terytorialny, samorząd narodowy, regionalny, samorząd instytucji społecznych i oświatowych. Dziś młody ruch planistyczny redukuje niejednokrotnie pozycję miast w gospodarce i administracji ogólnonarodowej nawet tam, gdzie to nie jest uzasadnione potrzebą. W każdym razie ze względu na programowość polityki gospodarczego planowania, jak też i ze względu na sytuację budżetową miejsce dla wyładowania ambicji samorządowych miast staje się coraz bardziej wąskie. Już z tego jednego punktu widzenia można się zapytać: jaką to czynną rolę wyznacza dla siebie Związek Gospodarczy Miast Morskich?
Kwiatkowski, który był profesorem Wyższej Szkoły Handlu Morskiego w Gdyni, obdarzony został przez studentów 4 lutego 1946 r. honorową legitymacją członkowską Bratniej Pomocy tej uczelni, objął też z inicjatywy studentów nieformalny patronat nad młodzieżą akademicką wybrzeża.
"Przegląd Akademicki" upowszechniał myśl polityczną Kwiatkowskiego z końca lat czterdziestych pod hasłem "Nie jesteśmy pokoleniem klęski". Kwiatkowski pragnął, by młodzież różnych przekonań zjednoczyła się w pracy nad stworzeniem nowoczesnej Rzeczypospolitej morsko-przemysłowej.
Dnia 29 stycznia 1948 r. otrzymał od premiera zwięzłe, formalne, suche pismo informujące o dymisji z funkcji Delegata Rządu do Spraw Wybrzeża.
W latach 1946-1948 Kwiatkowski łączył obowiązki Delegata Rządu do Spraw Wybrzeża z obowiązkami wykładowcy i publicysty oraz naukowca specjalizującego się w tematyce morskiej. Po dymisji, do stycznia 1949 r. mieszkał w Sopocie i wykładał w miejscowej Wyższej Szkole Handlu Morskiego, a także na Uniwersytecie Jagiellońskim. W styczniu 1949 r., po rozmowach m.in. z Romanem Zambrowskim, sekretarzem KC PZPR, opuścił ukochane wybrzeże, otrzymał bowiem zakaz stałego przebywania tutaj, w Warszawie oraz w Poznaniu, i udał się do rodzinnego Krakowa, w którym mieszkał już do końca życia.
W 1947 r. prowadził dla studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego wykłady z historii gospodarczej.
W 1947 r. ukazała się pierwsza część wielkiej pracy Kwiatkowskiego o historii gospodarczej świata pt. "Zarys dziejów gospodarczych świata. Część pierwsza. Od Starożytności do wybuchu Wielkiej Rewolucji Francuskiej." Stała się ona istotnym wydarzeniem intelektualnym. Kwiatkowski chciał wywołać krytyczną dyskusję na temat warunków, które pozwalają na akumulację wartości cywilizacyjnych i kulturalnych wielkich zorganizowanych zbiorowości ludzkich.
Dymisja, ograniczenia cenzuralne, aż wreszcie zakaz pobytu na wybrzeżu, w Poznaniu i w Warszawie, a następnie ofensywa przeciw tzw. "Kwiatkowszczyźnie" były zapowiedzią nowego okresu w dziejach powojennej Polski, a także biografii Eugeniusza Kwiatkowskiego.
Stanisław Henel, opierając się na relacji Ewy Obrąpalskiej, tak pisał o przymusowym przejściu Kwiatkowskiego na emeryturę:
Nie miał przecież nawet skończonych 60 lat, kiedy przedwcześnie w 1948 r. musiał przyjąć emeryturę i rozstać się z największą miłością jego życia - Gdynią i wybrzeżem. A przecież nigdy nikt z domowników nie słyszał z jego ust ani jednej skargi na ten temat. Nie zaprzestał też ani jeden dzień twórczej, naukowej pracy (...). Pracował stale i zawsze. Nie umiał żyć nie pracując, nawet kiedy był chory. Pamiętam, że jako dziecko spytałam go kiedyś: "Jak wygląda raj?" - A on uśmiechnął się i powiedział: "Dla mnie, Ewuniu, będzie to mój gabinet pełęn starych sztychów i książek, dla których będę mieć dużo czasu. I to będzie mój raj".